蒙古国时期，军队分成蒙古军和汉军两大类。到元朝统一全国后，忽必烈把全国军队分成为中央宿卫军队和地方镇戍军队两大组织系统，确定了元军的编制和隶属关系。嗣后元朝诸帝又在这两大组织系统中对某些军队和军府进行了调整。

.侍卫亲军与怯薛

元朝的中央宿卫军队由蒙古政权原有的怯薛组织和新建的侍卫亲军组织构成。

忽必烈即位初年，原来的蒙古怯薛军一分为二，一部分归属于阿里不哥，一部分归属于忽必烈。忽必烈很快从属下的蒙古千户中又征集了一批护卫士，使怯薛组织又达到了万人的定额。除了蒙古人外，色目人、汉人乃至南人也大量涌入怯薛组织。以后元朝政府不断“沙汰”怯薛中的汉人和南人，核定怯薛人数。到了元文宗时，怯薛宿卫士有.万余人。

侍卫亲军组织始建于中统元年（）。第一个卫军组织称为武卫军，兵员万人左右，士兵来源于中原各汉军万户属下的军队。以后又改名为左、右翼侍卫亲军，左、右、中三卫。至元十六年，南宋灭亡，忽必烈调整军队布局，增加侍卫亲军兵力，将三卫军扩充为前、后、左、右、中五卫，后又增设了武卫、虎贲卫、忠翊卫、海口侍卫等卫军机构，以汉军为主体，称为汉人卫军；将原来隶于蒙古军籍的色目“诸国人之勇悍者聚为亲军宿卫”，先后设立了唐兀、钦察、贵赤、西域（又称阿儿浑）、阿速、隆镇、龙翊、斡罗思等卫军机构，称为色目卫军。部分蒙古探马赤军人和从草原上流散出来的蒙古人口，也被编入侍卫亲军组织，设立蒙古侍卫与宗仁卫等机构，称为蒙古卫军。此外，还在东宫（后转给后宫或枢密院）之下设立了几个卫军机构。到元文宗时，卫军的总人数在万至万之间，汉军士兵约占／。

怯薛和侍卫亲军隶属关系不同。怯薛由怯薛长掌管，直接与皇帝发生关系。侍卫亲牢由各卫都指挥使司掌管，除东宫卫军外，均隶属于专掌军政的枢密院之下。

怯薛和侍卫亲军在职能上有明确的分工。怯薛负责皇帝的安全，掌管宫城和皇帝大帐的防卫，一般不外出作战；侍卫亲军则既要负责元朝两个都城大都（今北京市）、上都（今内蒙古正蓝旗东）的安全和“腹里”（元中书省直辖地区，包括今河北、山东、山西三省及内蒙古部分地区）的镇戍，又是朝廷用以“居重驭轻”的常备精锐部队，随时可以派出去镇压地方的起义、叛乱和抵御外来的侵扰。由于充当侍卫亲军的多是各军中的精锐士兵，因此侍卫亲军成为元军的中坚力量，取代了蒙古国时期怯薛作为全军“大中军”的军事地位。

.地方镇戍军队

地方镇戍军队由驻牧在草原上的蒙古军和分散在全国各地镇守的探马赤军、汉军和新附军等构成。